堆肥实际就是废弃物稳定化的一种形式，但它需要特殊的湿度、通气条件和微生物以产生适宜的温度。一般认为这个温度要高于45℃，保持这种高温可以使病原菌失活，并杀死杂草种子。在合理堆肥后残留的有机物分解率较低、相对稳定并易于被植物吸收。堆肥后臭味可以大大降低。
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堆肥过程有许多不同种类的微生物参与。由于原料和条件的变化，各种微生物的数量也在不断发生变化，所以堆肥过程中没有任何微生物始终占据主导地位。每一个环境都有其特定的微生物菌群，微生物的多样性使得堆肥在外部条件出现变化的情况下仍可避免系统崩溃。
堆肥过程主要靠微生物的作用进行，微生物是堆肥发酵的主体。参与堆肥的微生物有两个来源：一是有机废弃物里面原有的大量微生物；另一是人工加入的微生物接种剂。这些菌种在一定条件下对某些有机废物具有较强的分解能力，具有活性强、繁殖快、分解有机物迅速等特点，能加速堆肥反应的进程，缩短堆肥反应的时间。
轮式有机肥翻抛机好氧堆肥是在有氧情况下的有机物料分解过程，其代谢产物主要是二氧化碳、水和热；有机废弃物的好氧发酵过程，操作中应加大供氧措施。根据需要可以翻堆供氧，还可以利用加氧设备进行强制供氧。翻堆要做到勤翻、通气、搅拌均匀为宜。
轮式有机肥翻抛机好氧发酵翻堆机的工作：
通常情况下，原料堆积48小时后，料堆温度将升至50-60℃，72小时后可达65℃以上。在此高温下，就需要利用轮式有机肥翻抛机翻堆一次。
通常情况下，发酵过程会出现2-4次的超过65℃高温，轮式有机肥翻抛机翻堆2-4次可完成发酵。晴天情况下，一周可完成发酵。天气不好时，半月也可以完成发酵。发酵好的物料呈黑褐色，发酵完成开始降温，降到常温则表明完成发酵。