由于创业板的入门门槛低，退市的可能性高，因此创业板市场的风险要大于主板市场。而且，创业板的建立主要也是以高科技公司为主，大部分公司经营业绩不稳定，规模不大，这也是创业板风险存在的客观事实。以下主要罗列五点存在的风险：
1、创业板公司的产品基本具有高新产品的特点，但是这类产品和技术的更新速度是比较快的，而且对技术人员的依赖比较强，一旦受到产品及技术落后、人员流失、技术改良失败或被淘汰等因素影响，对上市公司的业绩影响是非常巨大的。
2、创业板的上市公司一般来说规模小、经营时间短，受市场风险和行业风险的影响比较大，从而影响到股票价格波动幅度。
3、创业板公司很多新型行业和经营模式，用传统的估值分析方法不大适用，而且对于新型行业和模式的估值都不是很准确，所以存在一定的估值风险。
4、因为创业板股票的流通盘小，庄家机构操控的成本低，所以很容易被过度炒作，股票波动幅度比较大，风险比较高。
5、创业板很多都是些民营企业，甚至包括一些家族企业，这些企业在运营和管理方面存在一定的问题。
6、 创业板有“直接退市”的规定，不会出现像主板那样的ST、*ST等警示过渡阶段。主板公司连续亏损，还可以通过买壳、借壳实现最终的重组，这在创业板完全不可能。